Kırgızlar, Göktürk devrinde Kögmen (Sayan) Dağları'nın kuzeyinde yaşamışlardır. 840 yılında Uygur Devleti'ni yıkarak bu topraklarda kendi devletlerini kurmuşlardır. Daha sonra bugün yaşadıkları topraklara gelen Kırgızlar, Karahanlılar zamanında Müslüman olmuşlardır.
Ruslara Orta Asyalı halklardan ilk olarak girerler. Toplumlar arası kavgalar çıkmaya başlayınca Bagış uruusu (toplumu), 1881 yılında Rusya İmparatorluğu'nun egemenliği altına girmeye karar verir.
Başlangıçta 1919'da Sovyet gücü bölgede kabul görmüştür ve Rusya Sovyet Federatif Sosyalist Cumhuriyeti içinde Kara-Kırgız Özerk Bölgesi oluştu. Kara-Kırgız terimi 1920'lerin ortasında Ruslar onları aynı zamanda Kırgız olarak bakılan Kazaklardan ayırıncaya kadar kullanılmıştır. 5 Aralık 1936'da Kırgız Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti, tam bir Sovyetler Birliği cumhuriyeti olarak kabul görmüştür.
1920'ler boyunca Kırgızistan, kültür, eğitim ve sosyal yaşam açısından epeyce geliştirildi. Okur yazarlık büyük ölçüde gelişti ve standart bir edebi dil ortaya çıkarıldı. Ekonomik ve sosyal gelişme de dikkate değerdi. Kırgız milli kültürünün çok sayıda yönleri Stalin'in milliyetçi eyleminin baskısına rağmen muhafaza edilmişti ve bu nedenle, tüm Birlik otoriteleri ile olan gerginlikler sürmekteydi.
Sovyet açıklık ve dürüstlük politikasının ilk yılları, Kırgızistan'da politik iklim üzerinde küçük bir etki yapmıştır. Bununla birlikte Cumhuriyet'in basın mensuplarına daha fazla liberal bakış edinmeleri ve Yazarlar Birliği'nce yeni bir yayın olan Literaturniy Kirghizstan'ı kurmaları için izin verilmişti. Gayriresmi politik gruplar yasaklanmıştı fakat 1989'da derin iskân krizi ile uğraşmak için ortaya çıkan birkaç grubun faaliyetlerine izin verilmişti.
1990 yılının Haziran ayında Özbekler ve Kırgızlar arasındaki etnik gerginlikler Özbeklerin olduğu Oş İli'ni kaplamıştı. Şiddetli karşılaşmalar birbirini izledi ve bir emniyet ve sokağa çıkma yasağı durumu hasıl oldu. 1990 yılının Ağustos ayına kadar düzen eski haline getirilemedi.[kaynak belirtilmeli]
1990'ların başları Kırgızistan'a yeni değişimler getirdi. Kırgızistan Demokratik Hareketi, Parlamento'nun desteğiyle önemli bir politik güç haline geldi. Kırgız Bilim Akademisi'nin liberal başkanı Askar Akayev 1990 yılının Ekim ayında başkan seçildi. Takip eden Ocak ayında Akayev, yeni hükümet yapılarını öne sürdü ve çoğunlukla daha genç ve reforma yönelik politikacılardan oluşan yeni bir hükümet tayin etti.
1990 yılının Aralık ayında Yüksek Sovyet, cumhuriyetin adını Kırgızistan Cumhuriyeti olarak değiştirmek üzere oy verdi. 1991 yılının Şubat ayında başkent Frunze'nin adı devrim öncesi adı olan Bişkek olarak değiştirildi. Bağımsızlığa giden bu estetik hareketlere rağmen, ekonomik gerçeklikler Eski Sovyetler Birliği'nden ayrılmaya karşı durur gibi gözükmekteydi. 1991 yılının Mart ayındaki Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği'nin yaptığı bir referandumda seçmenlerin %88,7'si Eski Sovyetler Birliği'nin yenilenmiş federasyon olarak tutulması teklifini uygun buldular.
19 Ağustos 1991'de Olağanüstü Hal Komitesi, Kırgızistan'da Akayev'i indirme girişiminin görüldüğü Moskova'da güç elde etti. Ertesi hafta darbenin sönmesinden sonra Akayev ve İkinci Başkan German Kuznetsov Sovyetler Birliği Komünist Partisi'nden istifalarını açıkladılar ve tüm daire ve sekreterya istifa etti. Bunu 31 Ağustos 1991'de Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği'nden bağımsızlığı sağlayan Yüksek Sovyet oylaması takip etti.
991 yılının Ekim ayında Akayev rakipsiz ilerledi ve oyların %95'ini alarak doğrudan yeni bağımsız cumhuriyetin başkanı seçildi. O ay diğer yedi cumhuriyetin delegeleriyle birlikte Yeni Ekonomik Toplum Paktı'nı imzaladı. Sonunda 21 Aralık 1991'de diğer dört Orta Asya cumhuriyeti ile birlikte Bağımsız Devletler Topluluğu'na resmen katıldı. 1992'de Kırgızistan, Birleşmiş Milletler ve Avrupa Güvenlik ve İşbirliği Teşkilatı'na katıldı.
2005 yılının Mart ayındaki parlamenter seçimlerden sonraki Lale Devri, Başkan Akayev'i 4 Nisan 2005'te istifaya zorladı. Muhalefet liderleri koalisyon kurdular ve yeni hükümet Başkan Kurmanbek Bakiyev ve Başbakan Feliks Kulov altında şekillendi.
Politik istikrarı sağlamak mümkündür, 2005 yılının Mart ayında seçilen parlamentonun 75 üyesinden üçü suikast sonucu öldürüldü 10 Mayıs 2006'da ölenlerin birisinin kardeşi de suikaste kurban gitti.
6 Nisan 2010 tarihinde Talas'ta başlayan halk isyanı, ertesi gün başkent Bişkek'e sıçradı. Olayların yükselmesi üzerine hükümet istifa etmek zorunda kaldı. Kurulan geçici hükümetin başına ise eski Dışişleri Bakanı ve Sosyal Demokrat Partisi Milletvekili Roza Otunbayeva getirildi
Kırgızistan halkı Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği dönemleri diğer birlik üyeleri gibi Devlet Ateizmi içinde yaşamıştır. Bugün Kırgızistan'ın resmi diniİslam'dır. Müslüman oranı %76'dir. Ülkede %18 Hristiyan, %2 Budist, %4 Ateist bulunur
